La Rete ha una struttura che prevede un Presidente, un Vice Presidente, un Consiglio Direttivo ed è articolata in Gruppi di Lavoro Tematici, coordinati da uno o due esperti per area tematica e da un coordinatore generale. L’organo di programmazione delle attività dei Gruppi di Lavoro Tematici è il Comitato d’Indirizzo tecnico-scientifico il quale formula opinioni su questioni strategiche ed operative, assicurando che i Gruppi agiscano con la finalità di far crescere la ricerca scientifica, lo sviluppo tecnologico e la cooperazione tra ricercatori e soggetti interessati nel campo dell’agricoltura biologica in Italia.

A supporto del Comitato d’Indirizzo tecnico-scientifico è stata costituita una Segreteria.